본명은 시마자키 하루키. 일본 나가노 현에서 태어나 어릴 때 상경하여 기독교와 서구 예술을 접했다. 메이지 학원을 졸업한 뒤 메이지 여학교의 고등과 영어 교사로 재직했으며, 재직 중이던 1893년 기타무라 도코쿠(北村透谷) 등과 『문학계』를 창간하고 시를 발표하여 낭만주의 시인으로서 명성을 얻는다. 1897년 첫 시집 『와카나슈』를 시작으로, 『일엽주』 『여름 풀』 『낙매집』 등 총 네 권의 시집을 발표했다.

이후 나가노 현의 고모로 의숙에서 영어와 작문 교사로 일하던 6년간 소설가로 변신하여 1906년 첫 소설 『파계』를 자비로 출판했다. 이 작품은 일본 문단에 본격적인 자연주의 소설이 등장했다는 절찬을 받았으나, 집필 과정에서 경제적 궁핍함으로 세 딸을 잃는 등 대가를 치러야 했다. 이후 『봄』 『집』 등의 장편소설을 잇달아 발표하며 일본 자연주의 문학을 대표하는 작가로서 입지를 확고히 했다.

상처한 뒤 집안일을 돌봐주던 조카딸과 남녀의 관계를 맺고 1913년 도피하듯 프랑스로 건너갔다가 제1차 세계대전이 발발하여 3년 만에 귀국한다. 귀국 후 둘은 다시 관계를 이어가고, 이 모든 사건의 전말을 고백한 작품『신생』을 발표하면서 사회적으로 파문을 일으켰다.

만년에 자신의 아버지를 모델로 한 역사소설 『동트기 전』을 발표했으며, 이 작품은 일본 근대문학의 걸작으로 평가받고 있다. 1935년에는 일본 펜클럽을 결성하여 초대 회장에 취임했다. 1943년 『동방의 문』을 집필하던 중 뇌일혈로 사망했다.